生活管理指導票の診断根拠が③血液検査陽性の場合、日本学校保健会による「学校のアレルギー疾患に対する取り組みガイドライン」（ｐ33）には、『保護者を通じて主治医に除去の必要性について再度問い合わせをする場合があります。しばらく耐性獲得の検証が行われないのであれば食物経口負荷試験の実施を検討してもらいましょう。』とあります。その旨主治医に相談されてみてはいかがでしょうか？ 必要に応じて負荷試験実施可能施設へ紹介されると思います。
学校保健会が運営している「学校保健」（http://www.gakkohoken.jp）からダウンロードできる「生活管理指導票活用のしおり～主治医向け～」にも、その旨説明されており、利用をお勧めします。

負荷試験の要否は医師と保護者が検討します。特異的IgE抗体が高すぎる場合等、負荷試験ができない例もあります。また、負荷試験の前に、問診が重要です。本当に食べておられませんか？　市販の離乳食を利用されている場合は原材料を見せていただくと参考になります。
また、具体的な食品を挙げて質問してみましょう。例えば牛乳アレルギーが疑われる場合、ヨーグルトが食べられるのであれば、牛乳アレルギーはなさそうですし、チョコレートが食べられるのであれば少量は摂取可能なので、厳密な除去は不要かもしれません。