小麦、卵アレルギーをもつ子どもの保護者との認識のずれがあり、対応に困ることがある。どのようにしたらよいか。

ご質問の文面からは認識のずれの具体的な内容は不明ですが、主な原因として、
・食物アレルギーに関する知識レベルが異なること
・対応ルールが明確でないこと
・不安の感じ方の差があること　などが考えられます。

園でのルールはいかがでしょうか？
「ルール」として学校向け、保育所向けのガイドラインが作られています。園だけでなく、市町村単位でも、ガイドラインと生活管理指導表を基にした対応をご検討いただく必要があると考えます。