甲殻類と貝類にアレルギーのある生徒。年度変わりに管理指導表更新のため受診したら、主治医から「血液検査の結果【ヨモギ】の値が３段階の2つ目だったので、ヨモギも除去してください」と言われたそうです。以前はヨモギ餅を食べていました。血液検査のヨモギは、花粉なのではないか？ヨモギの除去は不要ではないか？と思うのですが、主治医にもう一度確認してもいいのでしょうか？

血液検査がヨモギ花粉抗原に対するIgE抗体価であれば、ヨモギの花粉に対する反応を見ています。ヨモギ餅は通常ヨモギの葉を使用するため、ヨモギ花粉抗原の値は参考になりません。おっしゃるとおり、主治医に再確認されることをお勧めします。
なお、特異的IgE抗体価はアレルギーの診断の指標にはなりますが、診断の根拠とはなり得ません。本HP「アレルギーってなに？アレルギー検査」の項をご参照ください。